明治2年、当時「蝦夷地」等と呼ばれていた北海道は、日本の国土としてより明確にする為に、「北海道」と改称されました。
　同年の9月1日には、明治天皇の詔により、東京の神祇官において、北海道の開拓・発展の守護神として、 開拓三神 かいたくさんじん とも呼ばれる大国魂神・大那牟遅神・少彦名神の三柱の神々を祀る「 北海道鎮座神祭 ほっかいどうちんざしんさい 」が斎行されました。
　これが北海道神宮の創祀とされています。
　その 御霊代 みたましろ （神様が宿った依代）は開拓長官 東久世通禧 ひがしくぜみちとみ に奉じられ東京から函館へ、そこから開拓判官 島義勇 しまよしたけ がこれを奉じ 銭函の仮役所に仮安置し、同年12月に札幌へと移されました。
　明治3年5月には現在の北二条東1丁目の仮社殿に遷座し、翌明治4年5月には社名が「札幌神社」と定められました。
　同年9月、現在の鎮座地である円山の地に社殿が完成し遷座祭がおこなわれました。
　そして、開国を決断され、西洋の文明を取り入れて現在に至る日本の礎を築かれた明治天皇が昭和39年に御増祀となり、社名も「北海道神宮」と改称され、今日に至っています。